Fratte Rosa è arroccata sulla cima di un colle sullo spartiacque delle vallate del Cesano e del Metauro. Per spiegare le sue origini si formulano due ipotesi. Fratte, anticamente Castrum Fractarum, sarebbe sorta in seguito alla distruzione della città di Suasa da parte dei Visigoti verso il 450 d.C..

L'origine della città sembra dovuta a dei superstiti, scampati alla devastazione, i quali fuggirono sulle colline circostanti. Nella zona sono state ritrovate delle testimonianze archeologiche che risalgono al periodo romano: pavimentazioni a "spina di pesce"; una lapide sepolcrale; tracce di una strada romana che attraverso le colline portava a Suasa. Addirittura un'antica sorgente d'acqua qui porta il nome di Fonte Romana. Altri documenti attestano l'origine del paese nell'alto Medio Evo. Si deve pensare inizialmente alla presenza di piccole comunità che conobbero una prima vera aggregazione solo con la costruzione del Convento di Santa Vittoria per mano dei monaci Ravennati che governarono sul territorio. Il castello di Fratte sembra si sia sviluppato all'inizio dell'XI secolo. Attorno alla Pieve, attirati dalla prospettiva di una certa sicurezza garantita dai monaci, la gente costruì un primo villaggio, probabilmente sulla collina dove era possibile edificare una fortificazione.

Tra l'XI e il XIII secolo Fratte visse il più importante momento politico della sua storia. Fu la capitale di un vero e proprio staterello, la Ravignana che comprendeva diversi castelli: San Vito, Isola Gualtresca, Torre Ravignana, Montevecchio, Monterolo, e dipendeva direttamente dai monaci classensi di Ravenna, i quali avevano il potere anche sulle autorità civili e a loro stessi erano pagati affitti, tasse o altri vincoli a cui la popolazione era tenuta. Solo molto lentamente avvenne una progressiva concessione di diritti alla comunità. Il distacco dal potere classense fu via via sempre maggiore e irreversibile fino al tentativo di esentare il dominio monacale.

Anche per la sua posizione strategica, nonché di confine, Fratte subì le vicissitudini che portarono questi piccoli centri al servizio di questo o di quel signore. Malatesta, Montefeltro, Della Rovere sono i nomi più ricorrenti nella storia del paese di quel periodo fino al passaggio nel territorio pontificio.